Paddington Peru’da, Paddington’ın Peru’ya, sevgili teyzesi Lucy’yi ziyaret etmek için geri dönmesiyle hikayesini anlatıyor. Lucy artık bir ayılar huzurevinde yaşıyor. Heyecan verici bir macera, Brown ailesini Amazon yağmur ormanlarından Peru’nun dağ zirvelerine doğru beklenmedik bir yolculuğa çıkaran bir gizemle takip ediyor.